Dějinné počátky Svaté Hory jsou opředeny pověstmi. Kdy byla postavena původní kaplička, jejíž zdivo je prý dosud zčásti obsaženo ve zdivu dnešní baziliky, není známo. Dle pověsti ji dal postavit již ve 13. století rytíř z rodu Malovců jako dík Panně Marii za vyslyšené prosby, když ho ochránila před pronásledujícími loupežníky.

Podle jiných zpráv byla postavena o století později. Slavný český historik 17. století Bohuslav Balbín, který se zabýval podrobně dějinami Svaté Hory, datuje vznik kaple zhruba do počátku 16. století. Zaznamenal také některé cenné údaje o původní kapli: dlouhá byla zhruba 13 m, široká asi 7 m a vysoká přes 4 m. Měla plochý dřevěný strop, hrubé, nerovné stěny a podlahu z udusané hlíny. Vedly do ní dva vchody: jeden v severní, druhý v jižní stěně lodi. Byla to tedy velmi jednoduchá, chudá, skromná svatyně. Zasvěcena byla zřejmě od počátku Nanebevzetí Panny Marie.

Nejstarší známý půdorys Svaté Hory asi z roku 1658 uvádí ústřední svatyni, která mohla opisovat půdorys původní kaple, jako stavbu s krátkou širokou lodí a stejně širokým i dlouhým presbytářem, půlkruhově ukončeným.

Balbín ji kladl do doby krále Vladislava II. nebo do prvních let panování Ferdinanda I. (1. třetina 16. století). Dle tradice má zdivo dnešní ústřední svatyně, tj. presbytář a úseky stěn směrem západním, obsahovat zdivo původní kaple, jehož analýza by mohla přispět k přesnějšímu datování. Stavba kaple proběhla v době náboženské roztříštěnosti, náboženských zmatků a nepokojů, zřejmě nákladem držitele panství a města Příbrami. Neslohovost stavby ovšem nevylučuje, že ji postavil nějaký poustevník sám, bez náročného architektonického záměru.

Na severní straně ve svahu směrem k městu stála skutečně poustevna, malá roubená chatrč, do níž v 16. a 1. polovině 17. století ustavovala poustevníky příbramská obec. V průběhu 16. století bylo postaveno mnoho kaplí s poustevnami na různých místech v Čechách (za Josefa II. koncem 18. století jich bylo zrušeno 83).

Také pojmenování vrchu nad Příbramí je obestřeno tajemstvím. Jeden z pravděpodobných výkladů může být ten, který autorství připisuje lidovému označení, za nímž se skrývá hora, jejíž svatost je dána svatyní Panny Marie a pobytem muže svatého života – poustevníka.

Smyslem cesty zbožných poutníků bylo uctívání Panny Marie, kterou zosobňovala známá soška Panny Marie Svatohorské. Ta ovšem v původní kapli nebyla. Dle tradice ji vyřezal sám první pražský arcibiskup Arnošt z Pardubic podle Kladské madony a umístil ji ve své kapli v příbramské tvrzi, kterou dal sám postavit. V době husitských válek byla prý soška ukryta v příbramských dolech, pak krátce ve farním kostele sv. Jakuba a posléze na Březnickém předměstí Příbrami ve špitálním kostele sv. Jana Evangelisty.

Roku 1513 zastavil král Vladislav II. Příbram a celé panství bratřím Pašíkům z Komárova, kteří zvelebili staré stříbrné doly a pro zvýšení těžby povolali zkušené německé horníky z Krušných Hor; dali jim do užívání též špitální kostel sv. Jana Evangelisty, který byl od té doby nazýván německým. Čeští horníci přenesli odtud sošku Panny Marie, pozdně gotickou sochu sv. Alžběty Durynské a dva zvony zase do svého kostela na Svatou Horu.  Kdy horníci sochy na Svatou Horu přenesli, to přesně nevíme, leč odhadujeme, že to bylo ještě v 1. polovině 16. století. Spojení mariánské sošky se svatohorskou svatyní je pro budoucnost téměř trvalé.

Z řady poustevníků, kteří spravovali svatohorskou kapli, byl nejproslulejší Jan Procházka. Jako měšťan a pláteník žil v Nymburku až do roku 1619, kdy oslepl. V následujících letech ho zprávy zastihují již v Praze, kde živořil jako žebrák. Po letech, počátkem roku 1632, se mu zdál sen o starci, který ho vybízel, aby se odebral na Svatou Horu a uctíval tam Pannu Marii. Tentýž sen se opakoval vícekrát, až posléze se Procházkovi zdálo, že mu stařec přímo poručil, aby šel na Svatou Horu a, chce-li získat opět zrak, aby tam uctíval Pannu Marii. Procházka se zalekl a na příkaz starce se konečně rozhodl. (Bohuslav Balbín ztotožňoval tohoto starce se sv. Jakubem Větším, jemuž je zasvěcen městský kostel v Příbrami.)

Procházka Svatou Horu neznal a ani nevěděl, kde je; měla význam pouze místní, a v povědomí široké veřejnosti ještě nebyla. Když konečně zjistil po mnoha dotazech, kde Svatá Hora stojí, vydal se tam v doprovodu svého osmiletého vnuka a na místo dorazili 10. června 1632. Netušil, že to bude právě on, kdo bude příčinou uvedení Svaté Hory v širší známost.

Delší dobu opuštěná poustevna mu byla příbramskou obcí svěřena i s povinností pečovat o kapli. Po třech dnech pobytu zde se Procházkovi zázračným způsobem vrátil zrak. Viděl nejdříve mlhavě, ale v příštích dnech zřetelněji a zřetelněji.

Vyslyšení proseb poutníků u svatohorské Panny Marie bylo známo již dříve, včetně uzdravení, ale Procházkovo prohlédnutí po tolika letech slepoty bylo pokládáno za skutečně zázračné. Potvrzeno bylo svědeckými výpověďmi i lékařským dobrozdáním. Zpráva se bleskově roznesla po celé zemi a dostala se až do Vídně. Císař Ferdinand II. se svým synem Ferdinandem III. navštívil Svatou Horu již roku 1634. Byla to dosud asi nejvzácnější návštěva, která význam místa zdůraznila. Ve stejném roce vykopal Procházka studnu – pozdější Mariánskou. Na Svaté Hoře studna do té doby nebyla a poustevníci museli nosit vodu z města. Přinesená voda v parných dnech nemohla pro osvěžení mnoha poutníků postačit. Svatohorská kaple byla bez dveří, bez zasklených oken, sice uklizená a poustevníkem Procházkou udržovaná, ale věkem a nepříznivými vlivy povětrnostními i válečnými sešlá.

Po Procházkově neuvěřitelném uzdravení se příliv poutníků výrazně zvýšil. Také zájem okolní šlechty stoupal. Špatný stav kaple hnul svědomím mnohých a počali tedy vlastním nákladem pořizovat nové dveře, okna, strop, varhany a další vnitřní vybavení.

Příbramský děkan při nedostatku duchovních v době třicetileté války nemohl vyhovět přáním zbožných poutníků a na Svatou Horu docházel zřídka. Příbramští konšelé tam chtěli mít duchovní správu stálou a chtěli ji tedy svěřit některému duchovnímu řádu. Po dlouhém jednání bylo rozhodnuto svěřit správu nad Svatou Horou březnickým jezuitům, kteří o ni již dříve velmi usilovali. Vytušili, že poutní kaplička s tehdy již proslulou mariánskou soškou je ideální poutní místo, z něhož, díky skvělé poloze v samém středu Čech, lze vybudovat nejslavnější mariánské poutní místo v zemi. Do správy jim byla dána v roce 1647. Březnici, v níž měli svoji kolej, spojili jezuité se svatohorskou svatyní již roku 1649 tzv. svatou cestou šestnácti křížů s obrazy, která byla později nahrazena zděnými výklenkovými kapličkami.

Jezuité ze Svaté Hory pomáhali v duchovní správě v širokém okolí, ale nejvíce se věnovali přece jen poutníkům. Slávu svatohorské Panny Marie šířili a zvyšovali duchovními slavnostmi, kázáními, knížečkami, obrázky apod. Kaple brzy nestačila a byla tedy již roku 1658 doplněna na bocích o kaple sv. Ignáce a sv. Františka Xaverského a nad ní postavena věž pro zvony a věčné světlo, které zářilo za nocí daleko do kraje jako světlo majáku.

S Příbramí byla kaple pro větší pohodlí účastníků procesí spojena prvním schodištěm, tehdy ještě nezakrytým. Téhož roku narýsoval slavný vlašský architekt Carlo Lurago (usazený v Praze) první projekt na velkorysé vybudování poutního místa podle ideového návrhu jezuity P. Benjamina Schleyera, který vycházel z předloh italských. Plán byl nepatrně upraven a realizován v rozsahu, jaký známe dnes. Carlo Lurago pracoval pro březnické jezuity již dříve. V Březnici jim postavil například velký kostel sv. Františka Xaverského a sv. Ignáce.

Byl nejvýznamnějším architektem té doby u nás. Svými skvělými projekty si získal představené především jezuitského řádu, kteří ho pověřili vypracováním mnoha dalších projektů pro řadu převážně sakrálních staveb v Čechách. Jezuité získali cílevědomou popularizací náklonnost nejen okolní šlechty, ale i nejbohatších a nejvýznamnějších zemských úředníků a velmožů a s ní i jejich štědrou finanční podporu. Mecenáši z řad šlechticů dávali vyzdobit jednotlivé kaple, které kromě zasvěcení nesly i jejich jména. Na výzdobě se podíleli nejen místní umělci, ale hlavně umělci z Prahy, většinou vlašského původu.

Ještě v 17. století se svatohorský areál stal jedním z nejrozsáhlejších a nejvýznamnějších raně barokních objektů u nás. Kromě šlechty se na stavbě a výzdobě podílela i města (Praha, Plzeň, Mníšek a Březnice), ale především nesčetné zástupy dnes již neznámých poutníků.

Centrální svatyně na vyvýšené terase obklopena kaplemi a pod terasou ambitem – to bylo architektonické řešení do té doby v Čechách neznámé. Trojice otevřených kaplí na východní straně původní svatyně – zřejmě přímý import ze slunné Itálie, který nepočítal s drsnějším záalpským podnebím – měla obdobu na straně západní až do poloviny 18. století, kdy musela být vyzděna a tak chráněna před silnými západními větry, deštěm a vánicemi. Tento typ poutního místa se stal pravzorem pro četná další poutní místa, která byla v Čechách později vybudována.

Ústřední mariánská svatyně byla průběžně zdobena a upravována. Nízký strop byl zvýšen roku 1670 pravděpodobně do výše dnešní hlavní římsy a opatřen opět rovným stropem a zároveň postavena nad chrámem nová věž. Schody do Příbrami byly postaveny nové, tentokrát již kryté. Z doby krátce po roku 1700 zanechal zde vrcholný barok výrazné stopy v podobě nádherných vstupních portálů – Pražského a Březnického – s bohatou sochařskou výzdobou, několik portálů rohových kaplí v ambitech a orámování výklenků po stranách hlavního oltáře v kostele (původní svatyně byla označována již jako kostel).

Především oba vstupní portály patří k tomu nejlepšímu, co v této době bylo v Čechách vybudováno, a lze je na základě předběžné analýzy opět připsat tvorbě nejvýznamnějšího tehdejšího architekta Kryštofa Dientzenhofera, který ostatně pro jezuity pracoval i v Praze, a zde je dokonce archivně doložen jako věhlasný odborník. I jeho syn Kilián Ignác – nejslavnější architekt vrcholného a pozdního baroku nejen v Čechách, ale v celé Evropě – vypracoval před rokem 1727 pro Svatou Horu návrh monumentálního dvouramenného schodiště při severní straně ambitu navazujícího na krytou chodbu se schodištěm do města. Návrh byl realizován v letech 1727 – 1728, ovšem ve zjednodušené podobě, která se nám zachovala.

Svatá Hora vyšperkovaná uměleckými díly mnoha malířů, sochařů, štukatérů a uměleckých řemeslníků byla pravým divem pro poutníky, kteří se hrnuli ze všech stran ve velkých procesích. Počet poutníků se stále zvyšoval, věhlas Svaté Hory se šířil, a to i za hranice Čech, a množství poutníků z Bavor, Rakouska a Uher bylo stále větší a jejich návštěvy se staly pravidelnými.

Bohuslav Balbín zaznamenal, že „cesty tohoto kraje se netrhnou pro ustavičná procesí na Svatou Horu, celý kraj je doslova posvěcený zbožností“. Náboženské slavnosti byly čím dál častěji, slavnostnější a okázalejší. Byly tištěny slavnostní spisy, budovány slavobrány, svěceny oltáře. Hlavní oltář v ústřední svatyni byl postaven (v několika etapách) celý ze stříbra, do té doby věc u nás nebývalá.

Nejvíce pozornosti se dostalo milostné sošce Panny Marie Svatohorské. Byla oblékána do vzácných šatů, jejichž počet stále vzrůstal. Byly z honosných tkanin, bohatě zdobených, ale ani to nebylo dost vzácné. Z darů poutníků jí byl zhotoven roku 1723 zlatý, drahokamy, emailem a perlami zdobený tepaný pancíř, ale mariánští ctitelé si přáli ještě více – zlaté královské korunky.

Korunování poutních obrazů a soch mariánských bylo zavedeno v katolické církvi v roce 1640 z popudu italského šlechtice Alexandra Sforzy Pallavicini, který došel k názoru, že nosí-li zlaté koruny vládnoucí knížata a králové, tím spíš toto právo přísluší Královně nebes a jejímu Synovi.

Korunovány byly mariánské obrazy a sochy v nejslavnějších poutních místech nejdříve v Itálii a pak v ostatních zemích. Této výsady se dostalo konečně i milostné sošce Panny Marie Svatohorské, a tím i celé Svaté Hoře, která se tak zařadila mezi nejslavnější poutní místa na světě. Korunovace se konala 22. června roku 1732.

Pro tuto slavnost byly potvrzeny některé nové oltáře, Pražská brána byla pokryta iluzivními nástěnnými malbami a celá Svatá Hora vyzdobena s takovou okázalostí a nádherou, jaká zde neměla dříve obdoby. Za účastí nebývalého množství poutníků, šlechty a duchovenstva se konala korunovační slavnost celých osm dní. Slavnost přispěla k dalšímu rozšíření slávy a věhlasu Svaté Hory. Výročí korunovace se slaví od té doby každým rokem až do současnosti vždy třetí neděli po svatodušních svátcích. Asi v téže době byla zatím prázdná klenební pole ambitů (mezi ambitními kaplemi) pokryta nástropními malbami zlidovělého charakteru, zobrazujícími různé neblahé události, nebezpečí či neštěstí, která se stala a při nichž vyslyšela prosby svých ctitelů a pomohla v nouzi nejvyšší Panna Marie Svatohorská.

V letech 1745 – 1751 došlo k rozšíření mariánského kostela o trojici otevřených kaplí na západní straně jejich obezděním a probouráním západní zdi kostela. Tím se zvětšila ústřední svatyně do rozsahu, jak jej známe dnes. Ani takto rozšířený kostel však nestačil pojmout davy poutníků a jezuité uvažovali o jeho dalším rozšíření na západ a propojení s bočními kaplemi sv. Ignáce a sv. Františka Xaverského ve velký trojlodní kostel. Dali dokonce pro tuto velkou přístavbu a přestavbu vypracovat plány (jsou dosud zachovány v archivu), ale k realizaci již nedošlo. Jezuitský řád byl totiž dočasně zrušen roku 1773 a správu převzali světští administrátoři (od roku 1776 s titulem probošta, neboť v tomto roce byla rezidence povýšena na stálé proboštství), kteří spravovali Svatou Horu 86 let. Nejvýraznější stavební úprava z tohoto období se týkala nejstarších částí mariánského kostela, jehož plochý strop z roku 1670 byl nahrazen klenbou.

V roce 1861 dostali Svatou Horu do správy redemptoristé (Kongregace Nejsvětějšího Vykupitele), kteří zde působili do roku 1950. V roce 1903 dali kostel opravit a jeho nejstarší část, dosud bez výzdob, pokrýt novu figurální i ornamentální štukovou dekorací. Po rozsáhlé opravě a renovaci požádali papeže Pia X. o udělení titulu „bazilika“ pro poutní kostel, titul, kterým papež výjimečně povyšuje či vyznamenává nejslavnější chrámy. Pius X. uznal žádost redemptoristů za oprávněnou a vydal zvláštní breve „Sacris aedibus“, jímž roku 1905 povýšil Svatou Horu na „baziliku menší“.

Svatá Hora není bazilikou ve smyslu stavebního typu, ale ve smyslu náboženském (symbolickém) jako královský palác, tj. palác Královny nebe Panny Marie, a titul se vztahuje na celý poutní areál. Časem se však vžil zvyk jmenovat bazilikou pouze vlastní chrám Nanebevzetí Panny Marie. Bazilika a východní otevřené kaple obdržely ještě několik nových oltářů a konečně bylo důstojně upraveno i prostranství před hlavní, Pražskou branou.

Celý areál poutního místa vyžadoval v průběhu věků soustavnou péči a několikrát i velkou opravu či rekonstrukci. Mnoho se podařilo zachránit a udržet až do naší doby, mnohé vzalo za své jako např. nástěnné malby na východní, Pražské bráně z roku 1732. 27. dubna 1978 v odpoledních hodinách vypukl na Svaté Hoře veliký požár, který zcela zničil střechu kláštera, proboštství a severní části ambitů včetně věže s hodinami; velmi byly poškozeny i věže nad kaplí Mníšeckou a Plzeňskou a stejně tak i nástropní malby této části ambitů.

Kromě těchto maleb bylo vše obnoveno do roku 1982 (k 250. výročí korunovace milostné sošky Panny Marie). Nástěnné malby v ambitech se vzhledem k povětrnostním podmínkám udržují jen s největším úsilím a vysokými náklady. Restaurátorské práce jsou zde prováděny soustavně, nejnovější úpravu dostala bazilika v roce 1988, kdy byla podle návrhu akad. arch. Josefa Vlčka položena nová mramorová podlaha, instalován nový oltář, křeslo, ambon i osvětlovací tělesa a znovu osazen nákladně zrestaurovaný slavný Stříbrný oltář.

Od 24. března 1990 je duchovní správa Svaté Hory opět svěřena kněžím Kongregace Nejsvětějšího Vykupitele – redemptoristům. Prvním administrátorem a zároveň rektorem kláštera byl P. Josef Břicháček. Zároveň se stala Svatá Hora sídlem provinciála redemptoristů. Roku 1993 byly zrekonstruovány Svatohorské schody, které byly v podstatě zříceninou, protože od Druhé světové války nebyly udržovány a navíc byly poničeny požárem. Bohužel, dnes je jejich největším nepřítelem vandalismus.

Dalšími velkými událostmi posledního desetiletí 20. století byla oslava 650. výročí milostné sošky Panny Marie Svatohorské v roce 1998 a setkání mládeže českých a moravských diecézí v srpnu 1999. V době své mise navštěvoval velmi často Svatou Horu apoštolský nuncius v Československu (1990 – 1992) a v České republice (1993 – 2001) arcibiskup Giovanni Coppa. Po pádu komunismu navštěvují Svatou Horu poutníci a turisté z celého světa.

Rovněž se rozvíjí spolupráce s dalšími poutními místy, např. s bavorským Bodenmais, stejně tak i existuje aktivní partnerství se severoitalským Valle di Ledro, údolím, jehož obyvatelé v Příbrami a okolí přečkávali období a závěr první světové války. Roku 2005 oslavila svatohorská svatyně 100 let od udělení titulu Basilica minor. U příležitosti tohoto výročí se konala Národní pouť na Svatou Horu a v interiéru byl instalován nový liturgický prostor s oltářem, ambonem a dalšími liturgickými předměty z dílny sochaře Otmara Olivy.

V letech 2006 až 2018 byly firmou Vladimír Šlajch postaveny pro svatohorskou baziliku dvoje nové varhany. Zejména díky péči občanského sdružení Matice svatohorská se pokračovalo v opravách areálu, které vyvrcholily generální opravou celého areálu díky rozsáhlému grantu v r. 2015. Díky němu získala Svatá Hora nový vzhled, přednáškové a výstavní prostory a mnoho dalšího. Pražská provincie redemptoristů, pod jejichž vedením se poutní areál nachází i v současnosti, se v únoru 2017 spojila s provincií Slovenskou.